Impfstoffe zählen zu den sichersten Arzneimitteln, die uns zur Verfügung stehen.
a. Impfungen werden mittels Technologien hergestellt, die eine optimale Produktreinheit gewährleisten;
b. Vor ihrer Zulassung werden Impfstoffe klinischen Studien und Prüfungen unterzogen, um deren Wirksamkeit und höchste Sicherheit sicherzustellen.
c. Die Forschungsarbeit im Zusammenhang mit Impfstoffen ist fortlaufend: Selbst nach der Vermarktung werden sie auf Sicherheit und Verträglichkeit geprüft.

Besonders im Zusammenhang mit der Sicherheit wird fortlaufend geforscht: Bei Verdacht auf bedeutsame Nebenwirkungen wird eine Reihe epidemiologischer Studien durchgeführt, um der Annahme auf den Grund zu gehen.
Wie alle Arzneimittel können auch Impfstoffe Nebenwirkungen aufweisen. Kein Impfstoff ist 100% sicher.
Neben unbedenklichen Reaktionen wie Fieber oder Reizbarkeit werden auch äußerst seltene Reaktionen wie schwerwiegende allergische Reaktionen (anaphylaktischer Schock) beschrieben: Ein anaphylaktischer Schock tritt in der Regel unmittelbar oder einige Minuten nach der Impfung auf. Deshalb genügt es, nach der Verabreichung mindestens 15 Minuten im Wartesaal zu verweilen. Das Personal der Impfstellen ist für diese Art von Notfällen ausgebildet und ausgerüstet. Des Weiteren kann es zu anderen, sehr seltenen Komplikationen kommen: Nach der Masern-Mumps-Röteln-Impfung kann es beispielsweise zu einem erhöhten Blutungsrisiko kommen. Die Inzidenz liegt bei 1 zu 30.000, nach der natürlichen Erkrankung ist sie zehnmal so häufig. Weitere seltene Komplikationen sind beispielsweise Fieberkrämpfe oder eine hypotone hyporesponsive Episode mit Nichtansprechbarkeit oder Bewusstseinsverlust, Blässe und schwachem Muskeltonus. Dieses Ereignis kann innerhalb von 48 Stunden nach der Verabreichung plötzlich auftreten und dauert zwischen 1 und 30 Minuten. Es wurde speziell nach der Keuchhusten-Impfung beobachtet. Bei den fortlaufenden Untersuchungen an Kindern, die nach einer Impfung eine hypotonisch-hyporesponsive Episode erlitten, wurden keine Langzeitschäden festgestellt (Baraff 1988).
Hierbei müssen jedoch die beschriebenen Risiken mit den krankheitsbedingten Risiken verglichen werden: Masern und Keuchhusten führen z.B. viel häufiger zu Fieberkrämpfen als die entsprechenden Impfstoffe. Zudem können diese beiden Krankheiten schwerwiegende bleibende neurologische Schäden verursachen.