È stato anche primario della Chirurgia all'ospedale di Bolzano San Maurizio dove ha costruito la chirurgia del fegato,è specializzato inoltre in operazioni molto delicate sul pancreas. Da due anni, dopo il suo ritorno dalla Germania, il Dott. Heinrich Pernthaler è primario del reparto di Chirurgia all’ospedale di Merano.
“Avrei comunque aspirato per il mio reparto a una certificazione secondo gli standard europei, così invece è stata decretata per così dire “dall’alto”. Per il suo reparto, per se personalmente, per il suo lavoro quotidiano e quello della sua équipe cambia poco con la riorganizzazione della chirurgia oncologica, sostiene Pernthaler. Merano è comunque il secondo ospedale di riferimento in Alto Adige.
Proprio per questo il primario della chirurgia a Merano preferisce non prendere posizione. “Non sono scettico riguardo alla cosa in se stessa, ma per il modo in cui è stata gestita, con questa imposizione dall’alto. Ci vuole una grande conoscenza specialistica per poter valutare queste cose; e per questo è legittimo domandarsi se i politici abbiano sufficiente competenza per prendere decisione del genere. “"L’esperienza"- così il primario Heinrich Pernthaler -"non si può misurare solo con i dati, è solo una parte della verità.”